Com a morte do pároco da cidade de Leiria, o padre Amaro é designado para o cargo na igreja local e instala-se na casa de S. Joaneira, uma assídua religiosa. Amaro, se encanta com Amélia, filha da hospedeira, e desperta ciúmes no pretendente da jovem. A paixão cresce no antro eclesiástico de Leiria e o padre amaldiçoa o sacerdócio por não permitir que realize os seus desejos.

O Crime do Padre Amaro recebeu no Brasil e em Portugal alguma atenção da Crítica, quando foi publicado ulteriormente umromance intitulado — O Primo Basílio. E no Brasil e em Portugal escreveu-se (sem todavia se aduzir nenhuma prova efetiva) que O Crime do Padre Amaro era uma imitação do romance do Sr. E. Zola — La Faute de L'Abbé Mouret; ou que este livro do autor do Assomoir e de outros magistrais estudos sociais sugerira a idéia, os personagens, a intenção de O Crime do Padre Amaro.